只有洋蔥路由瀏覽器的網路連線會經過洋蔥路由網路傳送。 系統上其他的應用程式(包括其他瀏覽器)並不會透過洋蔥路由網路進行連線，因此也不會受到保護。 它們需要另外單獨設定才能使用洋蔥路由。 如果您需要確保電腦中所有的網路連線都透過洋蔥路由網路來傳輸的話，請參考Tails live作業系統，它可以直接安裝於任何電腦、USB隨身碟或是DVD光碟片中。