Через сеть Tor проходит только трафик Tor Browser. Любый другие ваши программы (включая браузеры) не подключаются к сети Tor и не будут защищены. Чтобы они могли использовать Tor, их надо настраивать отдельно. Если вы хотите направлять весь трафик через сеть Tor, обратите внимание на операционную систему Tails. Можно запустить её на практически любом компьютере с USB-флешки или DVD-диска.