ما NoScript را طوری پیکربندی می‌کنیم تا جاوااسکریپت به‌صورت پیش‌فرض مجاز باشد زیرا بسیاری از وب‌سایت‌ها در صورت غیرفعال‌بودن جاوااسکریپت کار نخواهند کرد. اگر ما جاوااسکریپت را به‌صورت پیش‌فرض غیرفعال کنیم بسیاری از کاربران دیگر از Tor استفاده نخواهند کرد چرا که مشکلات فراوانی برایشان پیش می‌آید. هدف نهایی ما این است که مرورگر Tor بالاترین امنیت ممکن را داشته باشد و همزمان برای اکثریت کاربران قابل‌استفاده باشد. به‌همین‌خاطر جاوااسکریپت باید به‌صورت پیش‌فرض فعال بماند.

برای کاربرانی که می‌خواهند جاوا اسکریپت را روی تمام سایت های HTTP به صورت پیش فرض غیرفعال کنند، ما توصیه می‌کنیم تا گزینه "سطح امنیتی" مرورگر Tor را تغییر دهند. این کار با پیمایش به آیکون امنیت (سپر خاکستری کوچک در سمت بالا-چپ صفحه)، سپس کلیک روی "تغییر…" انجام‌پذیر است. در سطح «استاندارد» جاوااسکریپت مجاز است، سطح «امن‌تر» جاوااسکریپت را در سایت‌های HTTP و سطح «امن‌ترین» جاوااسکریپت را به‌کلی مسدود می‌کند.